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水运工程系严格按照《STCW公约》马尼拉修正案和《中华人民共和国船员培训管理规则》要求建设，取得了国家海事局颁发的船员教育和培训许可证书、船员教育和培训质量管理体系证书；其拥有且安徽省内唯一拥有“远洋船员教育和培训”资质。
水运工程系现有航海技术、轮机工程技术两个专业，拥有航海实训中心、轮机实训中心和多个校企合作实习实训基地；拥有一支政治素质过硬、业务精湛的教师队伍，专业教师持有海船适任证书比例为100%，高级职称教师比例为44%。
水运工程系实行半军事化管理，严格按照船员教育和培训质量管理体系要求培养社会紧缺的高技能航海人才，毕业生供不应求、待遇优厚，有着较高的行业知名度和社会声誉。学生实行订单培养，入学即与企业签订就业协议，享受企业和学院双重奖助学金，且在校期间的培训费全免，开创全国先例。
| 专业名称 | 专业荣誉 | 培养目标 | 就业方向 | 主修课程 | 职业资格 | 备注 |
| 航海技术专业 | 中央财政支持提升专业服务产业发展能力重点建设专业、安徽省特色专业 | 培养符合《STCW公约》马尼拉修正案和《中华人民共和国海船船员适任标准》要求，具有良好的职业道德和爱岗敬业精神，具有无限航区一类三副实际操作管理能力、能胜任现代化船舶驾驶与管理的高级应用型人才。 | 毕业生主要面向全国海（航）运企业，从事远洋、沿海船舶运输和技术管理工作，也可在海事局、港监局等相关的管理部门或海事类培训机构从事相应的工作。 | 航海学、船舶结构与货运、航海英语、船舶操纵与避碰、船舶管理等 | 熟悉与基本安全、精通急救、精通艇筏、高级消防等证书、保安意识与负有指定保安职责证书；无限航区船舶值班水手适任证书，GMDSS操作员适任证书，无限航区一类三副适任证书 | 身高1.55米以上，无色盲，仅限文史类招女生，比例不超过20% |
| 轮机工程技术专业 | 培养符合《STCW公约》马尼拉修正案和《中华人民共和国海船船员适任标准》要求，具有良好的职业道德和爱岗敬业精神、具有无限航区一类三管轮的实际操作技能和管理能力、能胜任现代化船舶机电管理技术要求的高级轮机管理应用型人才。 | 毕业生主要面向全国海（航）运企业，从事远洋、沿海运输船舶的轮机技术管理工作，也可从事机电设备、工程机械相关工作或在海事局、港监局等相关的管理部门以及海事类培训机构从事相应的工作。 | 主推进动力装置、船舶辅机、轮机维护与修理、船舶电气设备、船舶管理、轮机英语、轮机自动化等 | 熟悉与基本安全、精通急救、精通艇筏、高级消防等证书；保安意识与负有指定保安职责证书，无限航区船舶值班机工适任证书，无限航区一类三管轮适任证书。 | 限招男生，身高1.55米以上，无色盲 |
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