学院现有10个本科专业和方向：计算机科学与技术、网络工程、软件工程、通信工程、信息安全、自动化、交通信息工程及控制、电子科学与技术、计算机软件以及新增的物联网工程专业，其中通信工程、计算机科学与技术为国家级特色专业及四川省品牌专业，网络工程、自动化（含交通信息工程及控制）和信息安全为四川省品牌特色专业。
计算机科学与技术专业
计算机科学与技术专业创建于60年代初，1978年由中科院院士曹建猷教授等主持恢复开办计算机科学及应用专业，1981年首批获得该专业硕士学位授予权，1985年成为铁道部重点学科。现有“计算机科学与技术”一级学科博士学位授权点，“计算机应用技术”四川省重点学科,以及“计算机科学与技术”博士后科研流动站。“计算机科学与技术”本科专业2010年成为国家级特色专业建设点，2012年通过全国工程教育专业认证专家现场考查，在全国大学本科教育专业排行A+级。截至2012年为止，本专业培养的学生人数已达2700多人，以其扎实的专业知识，良好的专业技能和综合素质，深受用人单位的欢迎，在业内形成了良好的品牌效应。
计算机科学与技术类专业隶属于计算机科学与技术系，有一支数量充足、素质优良和结构合理的校级教学团队。共有教职工27人，其中教授8名，副教授10名，讲师5名。该专业拥有四川省“百人计划”学者2人，四川省学术与技术带头人后备人选1人。教师中大多数具有博士学位，数名具有丰富的各类科技竞赛指导经验。历年来承担了国家自然科学基金、国家“863”计划项目、国家科技支撑计划项目、国家“211”工程建设项目、国家优势学科创新平台建设项目和铁道部科技开发项目，以及教育部、四川省、铁道部和企业等的各类科技开发项目100余项。多项科研成果获国家和省、部级奖励，发表学术论文300余篇，发明专利10余项。
本专业注重计算机科学与技术基本理论和专业知识的全面系统学习，培养学生具有较好的实践动手能力、系统分析与开发能力。依托“网络通信技术”和“云计算与智能技术”四川省高校重点实验室、“交通信息工程”铁道部重点实验室向本科生开放的举措，以及计算机硬件基础实验中心和计算机网络工程本科专业实验室，开展各层次的科研实践和大赛活动，将提高学生的创新能力和实践动手能力贯穿于教学计划的始终，取得了令人瞩目的成绩。获得了英特尔杯大学生电子设计竞赛嵌入式系统专题邀请赛最高荣誉奖等一批学科竞赛奖励。
通信工程专业
我院于1993年开办通信工程专业，现属通信工程系。经过短短几年的建设和发展，该专业已形成了涵盖2个博士点、3个硕士点，包括教授14人，副教授7人在内的近30人的师资队伍以及通信工程实验室和通信实验基地在内的良好的办学条件。现已毕业5届本科生300余人，目前在校研究生100余人，本科生800余人。
通信工程专业师资力量雄厚，在近30名教师中，有10余人具有博士学位，有国家杰出青年科学基金获得者、国家有突出贡献中青年专家、博士生导师、现任院长范平志教授，国家级有突出贡献专家、国家首届发明奖金奖获得者、全国“五一”劳动奖章获得者、国内外知名信息论与编码专家、神经网络与计算机专家、博士生导师靳蕃教授，知名密码专家何大可教授。另外，学院还聘请了中科院院士陈芳允教授、王守觉教授、朱中梁教授、保铮教授、简水生教授、中国工程院院士李乐民教授、叶尚福教授、吴佑寿教授等国内外著名专家、学者任名誉教授和兼职教授、客座教授。
本专业教师主要研究方向有：移动通信、卫星通信、光通信与光通信器件、通信编码、通信保密与安全。
通信工程专业培养具有通信技术、通信系统和通信网络等方面的知识、能在通信领域从事研究、设计、制造、运营及在国民经济各部门和国防工业中从事开发、应用通信技术与设备的高级工程技术人员。
毕业生具有计算机系统分析、设计和开发应用能力、能从事通信领域的程控交换、移动通信和光纤通信系统工程设计、技术开发和企业管理方面的工作。
自动化专业
我院于1976年开办自动控制专业，该专业在新颁布的专业目录中为自动化专业。20多年来，已培养该专业本科毕业生700余人，其中不少已成为路内外技术骨干。
本专业培养具备电工技术、电子技术、控制理论、自动检测与仪表、信息处理、系统工程、计算机技术与应用和网络技术等领域的知识，能在运动控制、工业过程控制、电力电子技术、检测与自动化仪表、电子与计算机技术、信息处理、管理与决策等领域从事系统分析、设计、运行和科技开发与研究等方面工作的高级工程技术人才。
毕业生具有计算机自动控制系统分析、设计和开发应用能力，能从事自动检测、自动控制、过程控制、铁路、公路及城市交通信号控制等方面的工程设计、技术开发和企业管理工作。
该专业属自动化系，现有教师近20人，其中教授6人，副教授4人。
信息安全
我国目前只有少数高等院校设置"信息安全"课程，教学内容尚无法涵盖信息安全的全部领域。另一方面，在一个较长时期内，金融、商业、公安、军事和政府部门对信息安全人才的需求量是很大的。目前，信息安全人才严重供不应求。为此，以西南交通大学"密码学"硕士点数年的建设为基础，西南交通大学计算机与通信工程学院开设了信息安全本科专业，专门培养信息安全高级技术人才。
信息安全是一门综合性学科，它涉及信息论、计算机科学、通信和密码学等多方面知识，其主要任务是研究计算机系统和通信网络及其所承载的信息的保护方法，以实现系统内信息的安全、保密、真实完整和可用。信息安全的核心是密码技术。西南交通大学1996年获得密码学硕士学位点授权，并在通信与信息系统博士点设有"信息安全"研究方向，有能力在信息安全领域进行各层次学位的人才培养，并且已经培养出一批信息安全方面的研究生。学院还设有"计算机安全与通信保密研究所"和"信息安全与国家计算网格实验室"（省重点实验室），承担了国家及省部级信息安全课题取得成果，形成了一支稳定的中青年教师队伍。包括西南交通大学"国家高性能计算中心（成都中心）"在内的实验环境能够满足信息安全专业的实验教学需求。
软件工程
软件工程系下设软件工程专业是2002年申报成功的国家首批软件工程专业之一，也是教育部首批“卓越工程师教育培养计划”的试点专业，在中国大学本科教育专业排行A级。现有教授4人（博士生导师1人），副教授11人，讲师6人，高级工程师1人，工程师3人。教师中具有博士学位9人（包括留学归国博士4人），在读博士5人，硕士学位10人。现有在站博士后、在读博士生、硕士生与工程硕士以及留学生80余名，本科生400余名。
软件工程专业是以软件工程人才培养为目标，突出对学生的软件开发能力培养和软件工程素质培养，注重软件工程过程方法训练，使学生具有扎实的基础、合理的知识结构、较强的软件设计与开发能力、较高的工程组织与管理能力。近年来，本专业培养的学生获得了第七届中国青少年科技创新奖（四川省唯一一名本科生）和ACM国际（亚洲区）大学生程序设计竞赛金奖等奖项。而且学生就业形势好，供不应求，学生质量深受用人单位好评。
目前本系学科是国内首批软件工程一级学科博士学位授权点，拥有全国CAD应用培训网络成都中心、国家高性能计算中心（成都）、四川省制造业产业链协同与信息化支撑技术重点实验室、四川省现代服务科技工程技术研究中心、四川省“云计算与智能技术”高校重点实验室、中国电信西部信息中心高校联合实验室等科研基地以及ACM创新基地、软件工程实验中心等教学实践基地。近五年承担了包括国家科技支撑计划重点项目、863项目、国家自然科学基金等国家级、省部项目40余项（现主持国家级项目10余项），获得多项国家、省部级科研奖励，并取得了一批重要理论研究成果，在IEEETKDE、INS等国际一流学术刊物上发表，承办国际会议/研讨会5次，国际会议特邀报告6人次，产生了重要的学术影响。
网络工程
本专业培养适应现代社会急需的高级网络工程技术人才，从事网络的规划和组网设计、网络工程设计和建设、网络运行维护及管理、网络安全防护和性能分析等工作，要求学生掌握网络工程中近代通信网络的基本理论及网络工程的实用技术，了解网络协议体系、网络互联技术、组网工程、网络性能评估、网络管理等相关知识，具有较强的分析问题、处理问题的能力，能够从事网络规划设计、网络运行管理和性能分析、网络工程设计及维护等工作。学生适合在计算机通信网络的研究、设计、生产单位工作，可涉及邮电、能源、交通、金融、经济、贸易、军事、科学、教育、社会保障、各级政府机关等多个领域。网络的应用已经渗透到各行各业，不同部门、不同单位对网络的需求千差万别，本专业学生可根据不同的网络需求来规划、设计、组建网络，并对网络进行运行维护管理。可以预期，在今后数十年内，全球人才市场对网络工程技术人员的需求将长盛不衰。
微电子技术
该专业主要学习和研究各种电子信息设备的心脏──芯片的设计与制造技术，它为现代信息科学提供芯片与器件支撑，是现代信息技术与产业的心脏和基础，是现代高科技产业中技术水平最高的行业之一，本专业主要涉及集成电路设计、制造、封装与测试等微电子专业人才的培养，是国家重点发展的朝阳学科与产业，国务院颁布《鼓励软件产业和集成电路产业发展的若干政策》的18号文件明确指出要加快微电子技术专业人才的培养。学院从2001年开设电子科学技术的微电子技术方向，经过多年发展，本专业已经具有“微电子学与固体电子学”、“电路与系统”两个硕士学位授权点，以及“集成电路工程”、“电子与通信工程”两个工程硕士学位授权点，并可在“信息与通信工程”，“计算机应用技术”，“交通信息工程及控制”三个博士点下招收博士研究生，本学科已经建设成为四川省重点学科。
目前，该学科拥有较强的师资队伍和先进的微电子技术实验室和电子技术实验中心，实验室面积1000多平米，设备总资产为1000余万元，仪器台套数1145台，并同美国英特尔、ALTERA公司、日本富士通公司等企业建立了联合实验室。为本科生和研究生提供了很好的发展平台，每届的全国电子大赛均能够获得一、二、三等奖。培养的学生动手能力强，就业形势较好，每年均有不少毕业生进入Intel、TI、摩托罗拉等国际著名公司工作，同时按照学校规定，本专业每年均有一定比例的优秀毕业生被保送到多所985/211高校攻读硕士研究生和直读博士研究生学位，近几年，本专业每年还有若干名优秀本科生获得学校公派留学资格，前往美欧日等国家攻读研究生学位。
毕业生可在微电子企业从事集成电路芯片的设计、制造、封装与测试工作，也可在计算机、通信、电子、机械、交通、家电、玩具等大量需求集成电路芯片的行业从事集成电路的应用与开发工作。
物联网工程
西南交通大学的物联网工程专业立足于信息科学与技术学院的“大信息”学科背景，所涉及的关键学科（“信息与通信工程”、“计算机科学与技术”、“控制科学与工程”、“交通运输工程”、“软件工程”）均设有一级学科博士点，其中“交通信息工程与控制”（隶属“交通运输工程”）为国家重点学科，其它均为四川省一级重点学科，这样的学科布局无疑为物联网工程专业建设奠定了雄厚的师资、研究、管理和就业出口等各个方面的综合优势。
为了推动重点专业建设和保证建设成效与质量，信息科学与技术学院为本专业配备了雄厚的师资力量。据不完全统计，本专业教师队伍中包括了12名教授（7名博士生导师），8名副教授和8名讲师，以及相应的实验人员。教师中既有相关学科的学术带头人，也有多位实践经验丰富的老师。
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