甘肃农业大学于1960年开始园艺本科教育，1993年开始园艺学科硕士研究生培养，2004年开始博士研究生培养。2010年获得园艺学一级学科博士学位授予权，是甘肃省重点学科。1971年成立林果系，1979年建立园艺系，2003年与农学院合并为农学院，2014年1月成立园艺学院。
学院下设蔬菜科学系、果树科学系、设施园艺系和观赏园艺系4个系，拥有蔬菜学、果树学、设施园艺学3个博（硕士）士学位授权点和农业推广园艺领域硕士学位授权点，园艺、设施农业科学与工程2个本科专业。
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